亚洲大学校长论坛的前身是中泰大学校长论坛。2001年，中国广东外语外贸大学、广东潮汕学院、泰国诗纳卡琳威洛大学及暹罗大学共同提议成立中泰高等院校合作论坛。
四方就以下方面进行协商并达成一致：
1．建议泰国诗纳卡琳威洛大学（国立）、暹罗大学（私立）、中国广东外语外贸大学（国立）、广东潮汕学院（私立）四所院校作为发起单位，邀请同这些院校有过互访或合作关系的院校作为基本成员参与论坛，之后再逐步扩大成员范围至亚洲其他院校。
2．第一次校长论坛由泰国诗纳卡琳威洛大学筹办和主持。出席会议的校长由各方共同邀请。
2002年，完成《中泰高等院校合作论坛章程》（以下简称“《章程》”）制定。2003年，经与会各高校校长一致同意，更名为《亚洲大学校长论坛章程》。
2003年，由广东外语外贸大学承办的第2届论坛吸引了来自6个亚洲国家和地区的高校代表，会议正式更名为“亚洲大学校长论坛”（AUPF）。
2009年，第8届亚洲大学校长论坛由印度尼西亚雅加达国立大学承办。该届论坛借鉴前几届论坛的经验，对《章程》进行了第一次修订和完善。该修订对《章程》在指导论坛组织方面起到了积极作用。
2015年，广东外语外贸大学承办的第14届亚洲大学校长论坛对《亚洲大学校长论坛章程》进行了第二次修订。这次修订共有4处修改，其中包括指定广东外语外贸大学为亚洲大学校长论坛秘书处。
自2002年以来，亚洲大学校长论坛已举办过二十二届，每届都有新的创意。越来越多来自不同国家和地区的高校参与其中，交流的内容愈加广泛。许多院校通过论坛这一桥梁建立了牢固的友谊，这体现了论坛“相互联系、沟通信息、交流经验、共同发展”的使命。